Перестроечные процессы в государстве во второй половине 80-х годов принесли коренные изменения в отношения государства к религии и к верующим в целом.
В ноябре 1988 года в журнале "Огонек" было опубликовано интервью писателя Александра Нежного с Председателем Совета по делам религий при Совете Министров СССР Харчевым, где он говорит: "Да, в 1961 году была принята так называемая "Инструкция по применению законодательства о культах". Это был документ "для служебного пользования", и он недавно отменен. Именно она запрещала, в частности, религиозным объединениям и служителям культа заниматься благотворительной деятельностью. Кроме того, в соответствии с этой Инструкцией не подлежали регистрации религиозные общества иеговистов, пятидесятников... В значительной степени мы сами, собственными руками создали так называемые запрещенные секты, принадлежность к которым рассматривалась как основание для привлечения к уголовной ответственности321. К концу 1988 года были отпущены на свободу все узники за веру322.
Возможностью зарегистрировать общины и создать независимые союзы воспользовались пятидесятники, входившие в состав ЦЕХБ, где после массового ухода осталось 17 общин.
Отношение к появившейся возможности создавать самостоятельные общины в среде нелегальных пятидесятников было неоднозначным. Как уже отмечалось выше, многие общины пытались добиться регистрации еще в 1968 году, но тогда была в силе инструкция от 1961 года. Пользуясь этим, власти на местах чинили препятствия регистрации харизматиков. После отмены инструкции все желавшие провели регистрацию, но вместе с тем нашлись общины, отказывающиеся от оформления своего юридического статуса. Это породило многочисленные расколы среди братств ХВЕ. Лидеры, признавшие правомерность регистрации, объединяли вокруг себя лояльные в данном вопросе общины и выходили из прежних незарегистрированных объединений. Показателен в этом смысле раскол в среде христиан веры евангельской — федотовцев. В ноябре 1989 года на их собраниях было объявлено о том, что руководители братства — П.Савельев и В.Белых — вышли из "Союза", решив создать свои самостоятельные объединения. Схожие процессы шли и в ряде других незарегистрированных объединений различных республик. Впрочем, нередко ранее не имевшие официального статуса пятидесятнические объединения, не откладывая, оформляли свою регистрацию. Пример — Латвия. Здесь в 1987 году все незарегистрированные общины объединились в Союз. Был избран епископ — Ф.Э.Озолиенкевич. Нелегальный союз просуществовал до сентября 1990 года, когда на созванном съезде "был официально образован и зарегистрирован при Департаменте по делам религии Союз Пятидесятников Латвии"323.