Около 1470 г. Пахомий получил от архиеп. Ионы Новгородского (28) поручение составить похвальное слово и канон св. Ионе(Одноушеву. Булг. 1406) Митрополиту Московскому (ум. в 1461 г.), что он и исполнил. Канон (Ябл. 182-184), носил краегранесие, к сожалению, до нас не дошедшее. Мощи святителя Ионы обретены были в 1472 г., когда перенесены были и мощи свят. Петра. По Барс. 267 устав Московского Успенского собора под 30 марта связывает эти события замечанием: «а чин службы подобен, как на Петрову память, писано 21 декабря».
Архиепископ Иона воспринял святительство от рук митрополита Ионы (см. службу св. Ионе Новгородскому, канон и седален 2-ой, 5 ноября) и потому он вскоре после кончины святителя дает Пахомию заказ на написание службы. Местное празднование совершалось 30 марта вскоре после 1472 г., что подтверждено было затем собором 1547 г. и дата эта оставалась днем празднования до 1682 г., когда, неизвестно почему, она перенесена была на 15 июня. (Гол. Кан. 79: праздник назначался указаниями царя или патриарха на разные даты между 20 марта и 6 июня. Это единственный случай такой подвижности праздника святому) (29). Наряду с этим изменялась и сама служба (см. Барс. 268 — служба в сочетании с пасхальной). Канон не сохранил акростиха, происходили в нем изменения и добавления. Следы Пахомиева творчества видны в первых стихирах на Г. В., писанных по образцу службы преп. Сергия. «Егда божественное рачение». И стихиры на стиховне несомненно принадлежат ему: писаны они по службе Евфимию Новгородскому, на стиховне И марта. Вернее, быть может, предположить, что не сам Пахомий переписал их со своей же службы Новгородскому святому, хорошо уже известной Новгородскому святителю Ионе. Заимствования на этом не останавливаются: все седальны и стихира по 50 псалме взяты оттуда же. Богородичный канон заимствуется из службы преп. Сергию. В каноне в п. 9 тр. 3 находится светилен св. Евфимия. Он же, в сокращенной форме обретается в качестве тропаря канона муч. Агапию 15 марта. Из этой же последней службы взяты и богородичны канона в 8 и 9 песни. Канон этот принадлежит Иосифу, при огромном числе своих канонов иногда повторявшему тропари в измененной всегда форме, а богородичны переписывавшему и полностью. Можно сделать вывод, что правлен был канон Пахомия при помощи употребления какого-то канона Иосифа. Если взять последние три тропаря канона в их греческом переводе в начале их получим окончание имени его: ώς, σήμερον, φωτί. Действительно, тропари 9 песни с такими начальными словами весьма часты у Иосифа: они служат ему для обычного изображения имени. Во всяком случае, седьмая и восьмая песни с ясностью показывают, что произошло смешение двух, если не трех разных канонов.
Окончания ирмосов этих песней в большинстве канонов передаются тропарям, заканчивающимися теми же словами. Ирмос седьмой песни заканчивается: «Отцев Боже, благословен еси». В тр. 1 нет этого обычного окончания, троп. 2 — отец наших, Боже, благословен еси, тр. 3 — благословен еси, Господи Боже, отец наших, тр. 4 — как и второй тропарь. В песни восьмой окончание ирмоса: «хвалите и превозносите во вся веки». Тр. 1 — то же окончание, троп. 2 - - и превозносим во вся веки, тр. 3 и 4 — по ирмосу. Каждая песнь состоит из 4 тропарей и, очевидно, в п. 7 первый, а в п. 8 второй взяты из другого канона и здесь добавлены. Кто и зачем делал добавления и дополнения, установить невозможно. Личного в каноне одно: последний тропарь канона: «темже и пение сие произведшему моли Христа Бога сохранитися от лукавого ловления». Но поскольку тропарь этот взят из службы на 30 марта, личное это обращение просто переписано составителем. В каноне несколько раз упоминается рака мощей святителя: это показывает, что вставлен канон был после 1472 года. Содержание его очень общее: нет и следа обычного использования жития святого, чего Пахомий не избегал и что передал он подражателям своим, нет и почти обязательных в русских службах географических указаний в восхвалении города или обители, где жил святой, или где лежат мощи его. Пахомиеву руку можно определить лишь в стихирах, тропаре и кондаке.