Многие нелегальные и вышедшие из объединения с христианами-баптистами общины пятидесятников из незарегистрированных на протяжении многих лет стремились к легализации своей деятельности. Вместе с тем они принимали все меры для того, чтобы добиться именно самостоятельной регистрации, а не в составе объединенного братства ЕХБ. На протяжении многих лет пятидесятники в надежде легализовать свою деятельность обращались в различные административные учреждения, обивали пороги советских и партийных ведомств. В итоге это возымело свое действие, и Совет по делам религий при Совете Министров СССР разрешил в 1968 году начать регистрацию наиболее лояльных общин неприсоединившихся пятидесятников на правах автономии313, т.е. не в составе какого-либо союза, а отдельно каждую общину.
Чтобы получить разрешение на регистрацию на правах автономии, необходимо было представить Устав общины с изложением взглядов на отношение к Советской власти и ее законам о религиозных культах. Но даже после этого регистрация в большинстве случаев проходила с большими трудностями. Советы на местах чинили верующим различные препятствия. Тем не менее значительная часть общин пятидесятников зарегистрировалась автономно. Это лишний раз показало, сколь много было общин, не пошедших на объединение.с Евангельскими Христианами-Баптистами по принципиальным соображениям. С начала разрешения автономной регистрации до 1988 года было зарегистрировано более 200 таких общин314.
В 1977 году Церковь евангельско-баптистского вероисповедания (ЕХБ) обратилась с письмом ко всем верующим, в котором автономно зарегистрированные общины пятидесятников призывались к участию в подготовке и проведении съезда ЕХБ. "Мы считаем, — говорилось в обращении, — что участие в совместной подготовке съезда явится практическим шагом на пути достижения единства. Но при этом единственным условием совместного труда является соблюдение принципов деятельности объединенного братства с учетом соглашений по объединению 1944, 1945, 1947 годов"315. Это была попытка сблизить общины, автономно зарегистрированные с их братьями, ранее вошедшими в ЦЕХБ. Однако каких-либо заметных результатов это воззвание не принесло.